Он родился в 1815 году в Елисаветграде и в тридцатилетнем возрасте принял монашеский постриг. Широко стал известен его подвиг в Новороссийске в 1855 году. Тогда при обстреле города вражескими судами с 28 февраля по 4 марта отец Парфений перед лицом смертельной опасности неотлучно исповедовал и причащал раненых воинов, отпевал погибших.
В память о Крымской войне отец Парфений был награждён бронзовым крестом, а также медалью и крестом для служивших в Кавказской армии. Кроме того, за личное мужество и незаурядные изобретения иеромонах Парфений был награждён наперсным крестом от Святейшего Синода, а 7 апреля возведён в сан игумена.
За одно изобретение он получил благодарность от контр-адмирала Черноморского флота. Ещё в 1852 году на Тенгинском укреплении Черноморской береговой охраны отец Парфений отличился инженерным талантом, предложив «лёгчайший способ поднятия затонувших грузов». Его идею занимала специальная комиссия, которая одобрила изобретение и предписала устраивать подобные машины для портовых надобностей.
После окончания Крымской войны отец Парфений был назначен настоятелем в Таврическую епархию в Крыму. Игумен Парфений никогда не соглашался с безнравственностью и низостью его бескорыстного любили все он стал духовным ориентиром для окружающих. В 1863 году начались первые столкновения с местным и жителями, которые без разрешения вырубали лес и выпасали скот на монастырской земле. Объясниться с ними по доброму отцу Парфению не удалось. Не желая терпеть свидетелей и обличителей своих преступлений, четверо татар решили убить игумена. Они поджидали его несколько дней, тремя выстрелами из маузера убили отца Парфения, чтобы скрыть следы преступления сожгли его, а лошадь, зарезав, закопали в лесу. Преступление так осталось бы нераскрытым, если бы не свидетели — их тоже хотели убить, но в последний момент не решились.
В советские времена некоторые историки пытались создать отрицательный образ святого игумена Парфения. Разночтения личности Парфения были таковы, что потребовалось даже специальное заявление пресс-службы Симферопольской епархии по поводу того, что по национальности убийцы были крымские татары, однако конфликт с ними носил административно-бытовой характер, а не межрелигиозный или межнациональный. А что касается убийц, то они были казнены через повешение.